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setup-python [2022/02/23 10:41]
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setup-python [2024/11/15 22:43] (Version actuelle)
moreajul |
| ====== Installation et configuration de Python pour les TPs ====== | ====== Installation et configuration de Python pour les TPs / Python setup for practical sessions ====== |
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| **Note : ** instructions validées sous Ubuntu 20.04, à adapter éventuellement en fonction de votre système d'exploitation. Attention, ces environnements virtuels peuvent occuper beaucoup d'espace. | **Note : ** instructions validées sous Ubuntu, à adapter en fonction de votre système d'exploitation. Attention, ces environnements virtuels peuvent occuper beaucoup d'espace. **L'installation peut être assez longue, veuillez la faire avant les séances pratiques !** |
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| Pour les travaux impliquant de coder pour pratiquer les algorithmes, nous utilisons le langage Python 3 avec les bibliothèques [[https://numpy.org/|NumPy]], [[https://matplotlib.org/|Matplotlib]], [[https://scikit-image.org/|scikit-image]], [[https://scikit-learn.org/|scikit-learn]], [[https://scipy.org/|SciPy]], [[https://opencv.org/|OpenCV]], [[https://keras.io/|Keras]], [[https://pytorch.org/|PyTorch]] (voir la page [[outils|Outils logiciels]] pour plus de détails). | Pour les travaux impliquant de coder pour pratiquer les algorithmes, nous utilisons le langage Python 3 avec les bibliothèques adaptées aux mathématiques et aux sciences (voir la page [[outils|Outils logiciels]] pour plus de détails). |
| Le plus pratique pour configurer librement une ou plusieurs installations est d'utiliser un gestionnaire d'environnements virtuels Python type [[https://docs.conda.io/|Conda]].\\ | Le plus pratique pour configurer librement une ou plusieurs installations est d'utiliser un gestionnaire d'environnements virtuels Python type [[https://docs.conda.io/|Conda]].\\ |
| L'installation décrite ici propose aussi d'ajouter [[https://www.spyder-ide.org/|Spyder]], un éditeur Python développé pour les études scientifiques. Elle inclut aussi le système de notebooks [[https://jupyter.org/|Jupyter]] (python interactif dans le navigateur web), au cas où il soit nécessaire pour certains TPs.\\ | L'installation décrite ici propose aussi d'ajouter [[https://ipython.org/|IPython]] (python interactif) et [[https://www.spyder-ide.org/|Spyder]], un éditeur Python développé pour les études scientifiques. Elle inclut aussi les systèmes de notebooks [[https://jupyter.org/|Jupyter]] (python interactif dans le navigateur web) et spyder-notebook (plugin équivalent pour Jupyter), au cas où il soit nécessaire pour certains TPs.\\ |
| //Note : Le lancement du serveur Jupyter se fait via la commande suivante (son dossier racine sera le dossier de lancement de la commande, et l'environnement Python utilisé sera l'environnement conda actif) :// | //Note : Le lancement du serveur web Jupyter se fait via la commande suivante (son dossier racine sera le dossier de lancement de la commande, et l'environnement Python utilisé sera l'environnement conda actif) :// |
| <code bash> | <code bash> |
| jupyter notebook | jupyter notebook |
| \\ | \\ |
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| Installer d'abord [[https://www.anaconda.com/|Anaconda]] ou encore mieux [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]] (idem sans GUI). | **Étapes de l'installation / Installation steps** |
| Ces outils permettent de gérer des environnements virtuels Python et ainsi autant de configurations différentes que l'on souhaite. | |
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| Ouvrir un terminal, et créer un environnement virtuel (nommé par exemple « sy32 ») par la commande : | Installer d'abord le système type conda permettant de gérer différents environnements Python en fonction des besoins : [[https://mamba.readthedocs.io/en/latest/user_guide/micromamba.html|micromamba]] recommandé pour sa plus grande rapidité de fonctionnement (version allégée de [[https://mamba.readthedocs.io|Mamba]]), sinon l'original [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]] (ou [[https://www.anaconda.com/|Anaconda]]).\\ |
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| | //First install a conda-type system to manage various Python environments: [[https://mamba.readthedocs.io/en/latest/user_guide/micromamba.html|micromamba]] recommended for its faster operation (light version of [[https://mamba.readthedocs.io|Mamba]]), otherwise original [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]] (or [[https://www.anaconda.com/|Anaconda]]).// |
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| | Ouvrir un terminal, et créer l'environnement virtuel avec toutes les bibliothèques utiles pour nos sessions pratiques, nommé par exemple « sy32 » (changer l'appel micromamba par mamba ou conda en fonction de votre installation) : |
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| | //Open a terminal, then create a virtual environment with all the needed libraries, called for example "sy32" (change micromamba call with mamba or conda according to your setup):// |
| <code bash> | <code bash> |
| conda create -n sy32 -c conda-forge python=3.8 scikit-image scikit-learn opencv matplotlib spyder=4 notebook | micromamba create -n sy32 -c conda-forge -c pytorch python=3.8 scikit-image scikit-learn opencv matplotlib spyder-notebook pytorch torchvision torchinfo addict plyfile tqdm labelimg |
| </code> | </code> |
| (NumPy et SciPy seront aussi installés car sont requis pour ces bibliothèques.) | (NumPy, SciPy, Spyder et notebook seront aussi installés car sont requis pour ces bibliothèques.)\\ |
| | (torchinfo est optionnel est sert à visualiser l'architecture des réseaux de manière similaire à la commande summary de Keras.) |
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| Puis, pour entrer dans cet environnement : | Puis, pour entrer dans cet environnement : |
| | //From now, to enter in this environment:// |
| <code bash> | <code bash> |
| conda activate sy32 | micromamba activate sy32 |
| </code> | </code> |
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| Si vous souhaitez installer Spyder avec le support pour les notebooks, faites à présent : | Enfin, la bibliothèque open3d n'est disponible maintenant que via pip, pour l'installer, faire (à l'intérieur du bon environnement python) : |
| | //Finally, open3d library is now only available via pip, to install it, do (inside the appropriate ptyhon environment):// |
| <code bash> | <code bash> |
| conda install -c spyder-ide spyder-notebook | pip install open3d |
| </code> | </code> |
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| **Bibliothèques d'apprentissage profond** | **Si besoin, commande pour mettre à jour toutes les bibliothèques** |
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| À ce stade, les bibliothèques classiques sont installées, à l'exception des bibliothèques d'apprentissage profond : Keras (TensorFlow) et PyTorch. | |
| Vous pouvez les installer par les commandes qui suivent (référez-vous à la documentation de chaque bibliothèque pour voir les options de versions, etc). | |
| * Keras, si GPU compatile CUDA (NVidia) : | |
| <code bash> | <code bash> |
| conda install -c conda-forge tensorflow-gpu | micromamba update --all |
| </code> | </code> |
| * ou bien Keras, pour fonctionnement sur CPU seulement : | |
| | **Si besoin, commande pour nettoyer le cache conda/mamba** |
| <code bash> | <code bash> |
| conda install -c conda-forge tensorflow | micromamba clean --all |
| </code> | </code> |
| * PyTorch (OK avec et sans GPU compatible CUDA) : | |
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| | ====== Note sur les bibliothèques d'apprentissage profond installées ====== |
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| | **Ne servent que pour SY32 et ARS2.** |
| | **Maintenant, seul PyTorch est utilisé dans nos exercices pratiques, l'installation de Keras n'est pas nécessaire.** |
| | Vous pouvez si vous le souhaiter installer Keras par les commandes qui suivent (référez-vous à la documentation de chaque bibliothèque pour voir les options de versions, etc). |
| | * Keras (TensorFlow), si GPU compatile CUDA (NVidia) : |
| | <code bash> |
| | micromamba install -c conda-forge tensorflow-gpu |
| | </code> |
| | * ou bien Keras, pour fonctionnement sur CPU seulement : |
| <code bash> | <code bash> |
| conda install -c pytorch pytorch torchvision | micromamba install -c conda-forge tensorflow |
| </code> | </code> |
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| ====== Vérification de l'installation ====== | |
| | ** Vérification de l'installation ** |
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| Pour vérifier si Keras et PyTorch peuvent fonctionner sur GPU, vous pouvez exécuter les codes suivants dans Python : | Pour vérifier si Keras et PyTorch peuvent fonctionner sur GPU, vous pouvez exécuter les codes suivants dans Python : |
| </code> | </code> |
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| ====== Additionnal installation for ARS2 students ====== | |
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| Practical courses will need [[http://www.open3d.org/|Open3D]] library. | |
| In your conda environnement (we keep here the sample with "sy32" env name), install Open3D and its dependencies with the following commands: | |
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| <code bash> | |
| conda activate sy32 | |
| conda install -c conda-forge addict plyfile tqdm | |
| conda install -c open3d-admin open3d | |
| </code> | |
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| ====== S'initier au langage Python pour les sciences ? ====== | ====== S'initier au langage Python pour les sciences ? ====== |